造成番茄畸形果的主要原因是前期花芽分化不良。由于前期管理失誤，導(dǎo)致花芽分化不良，到后期長出畸形果是無法補(bǔ)救的，只能加強(qiáng)管理，預(yù)防后期別再出現(xiàn)此類情況。
預(yù)防番茄畸形果必須從優(yōu)化花芽分化抓起，關(guān)鍵要抓好兩個(gè)階段：

第一階段是從定植到第一花序開花
該階段植株以營養(yǎng)生長為主，此時(shí)要避免旺長，使?fàn)I養(yǎng)均衡分配，培育壯棵，保證花芽分化正常。
番茄果實(shí)后期發(fā)育成正常果還是畸形果，取決于花芽分化質(zhì)量，而影響花芽分化的因素較多，如溫度過高、澇害或干旱、氮肥偏多或肥少等等。溫度過高，易出現(xiàn)坐不住花；水分足，氮肥偏多，易出現(xiàn)徒長，花芽分化不良，出現(xiàn)花小、坐果難、畸形花多等問題。若土壤干旱少肥，果皮容易木栓化，易出現(xiàn)裂果、疤果或露籽果。
因此，這一階段以控溫、合理的肥水、調(diào)整長勢平衡為關(guān)鍵，白天溫度控制在25-30℃，夜間溫度控制在14-16℃為宜。澆水管理主要是澆透定植水、緩苗水，緩苗后以控水為主，刺激根系下扎；緩苗期間可沖施生物菌肥或甲殼素、生根劑，以培養(yǎng)強(qiáng)壯根系。若出現(xiàn)旺長跡象，可適當(dāng)噴施助壯素或矮壯素進(jìn)行控棵，但切勿噴施過量。

第二階段是從開始坐果到植株坐果結(jié)束。
植株進(jìn)入結(jié)果期，此時(shí)果、秧同時(shí)生長，營養(yǎng)生長與生殖生長齊頭并進(jìn)，兩者存在營養(yǎng)爭奪的矛盾。番茄是陸續(xù)開花、連續(xù)結(jié)果的作物，當(dāng)?shù)谝换ㄐ蚬麑?shí)膨大生長時(shí)，第二、三、四、五花序也在不同程度上發(fā)育。
正在發(fā)育的果實(shí)，尤其是在開花后20天內(nèi)，大量碳水化合物往果實(shí)內(nèi)輸送，營養(yǎng)生長和生殖生長之間以及果實(shí)發(fā)育和花芽分化之間，爭奪養(yǎng)分較明顯。如何保證養(yǎng)分供應(yīng)充足，是該階段的管理關(guān)鍵所在。
當(dāng)養(yǎng)分輸送不平衡時(shí)，生殖生長較弱，沒有發(fā)育成好的花器，而菜農(nóng)未發(fā)現(xiàn)或不舍得及時(shí)摘掉，就會(huì)造成正常果與畸形果之間相互爭奪營養(yǎng)，結(jié)果出現(xiàn)畸形果長不好，正常果長不大的現(xiàn)象。
怎么判斷花器發(fā)育好壞呢？同一花序內(nèi)開花整齊，花器官大小均勻，花瓣黃色，子房大小適中，往往花芽分化好，花器好，果實(shí)長勢也好。而徒長或老化植株，開花延遲，花器官大小不均，花瓣顏色深淺不一。像這類植株的花器，一旦遇到高溫影響，都易造成花器傷害。所以，菜農(nóng)朋友在生產(chǎn)中一旦發(fā)現(xiàn)此類畸形花，應(yīng)提早摘除，避免養(yǎng)分消耗。
第二階段的具體管理，一是要注重疏花疏果，及時(shí)去掉各類畸形花、畸形果，減少養(yǎng)分消耗；二是要保護(hù)葉片，避免過早打葉，保證營養(yǎng)供應(yīng)充足，雙管齊下，即可保證營養(yǎng)生長與生殖生長平衡，畸形花、畸形果少。